HNRNPU

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1ZRJ

Ідентифікатори

Символи

HNRNPU, HNRPU, SAF-A, U21.1, hnRNP U, SAFA, HNRNPU-AS1, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U (scaffold attachment factor A), heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U, HNRNPU antisense RNA 1, C1orf199, NCRNA00201, EIEE54, pp120, GRIP120, DEE54

Зовнішні ІД

OMIM: 602869 MGI: 1858195 HomoloGene: 22991 GeneCards: HNRNPU

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • telomerase RNA binding • RNA binding • RNA polymerase II complex binding • TFIIH-class transcription factor complex binding • DNA binding • chromatin binding • double-stranded DNA binding • single-stranded DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • double-stranded RNA binding • single-stranded RNA binding • mRNA 3'-UTR binding • actin binding • poly(A) binding • snRNA binding • poly(C) RNA binding • chromatin DNA binding • poly(G) binding • pre-mRNA binding • ribonucleoprotein complex binding • GO:0032403 protein-containing complex binding • sequence-specific double-stranded DNA binding • ATP binding • identical protein binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II C-terminal domain binding • promoter-specific chromatin binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
Клітинна компонента	• CRD-mediated mRNA stability complex • цитоплазма • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • нуклеоплазма • telomerase holoenzyme complex • cytoplasmic ribonucleoprotein granule • spliceosomal complex • клітинне ядро • GO:0005578 Позаклітинна матриця • nuclear chromosome • cell surface • nuclear matrix • nuclear speck • GO:0009327 protein-containing complex • RNA polymerase II transcription regulator complex • inactive sex chromosome • Рибонуклеопротеїни • кінетохор • центросома • midbody • mitotic spindle • mitotic spindle midzone • mitotic spindle microtubule • центромера • spindle pole • хромосома • центр організації мікротрубочок • веретено поділу • цитоскелет • dendrite cytoplasm
Біологічний процес	• CRD-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of telomere maintenance via telomerase • ритмічний процес • mRNA processing • osteoblast differentiation • Сплайсинг РНК • RNA metabolic process • GO:1901313 positive regulation of gene expression • circadian regulation of gene expression • cardiac muscle cell development • cellular response to dexamethasone stimulus • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • dosage compensation by inactivation of X chromosome • negative regulation of kinase activity • negative regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter • mRNA stabilization • maintenance of protein location in nucleus • cellular response to glucocorticoid stimulus • RNA localization to chromatin • positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity • positive regulation of stem cell proliferation • regulation of mitotic cell cycle • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of mitotic spindle assembly • GO:1903308, GO:0001672, GO:0010848, GO:1902649 regulation of chromatin organization • positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore • protein localization to spindle microtubule • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of stem cell differentiation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • клітинний цикл • multicellular organism development • диференціація клітин • поділ клітини • positive regulation of brown fat cell differentiation • dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex • adaptive thermogenesis
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3192


51810

Ensembl


ENSG00000153187


ENSMUSG00000039630

UniProt


Q00839 Q5RI18


Q8VEK3

RefSeq (мРНК)


NM_004501 NM_031844


NM_016805

RefSeq (білок)


NP_004492 NP_114032


NP_058085

Локус (UCSC)

Хр. 1: 244.84 – 244.86 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HNRNPU (англ. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 825 амінокислот, а молекулярна маса — 90 584^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSSSPVNVKK	LKVSELKEEL	KKRRLSDKGL	KAELMERLQA	ALDDEEAGGR
PAMEPGNGSL	DLGGDSAGRS	GAGLEQEAAA	GGDEEEEEEE	EEEEGISALD
GDQMELGEEN	GAAGAADSGP	MEEEEAASED	ENGDDQGFQE	GEDELGDEEE
GAGDENGHGE	QQPQPPATQQ	QQPQQQRGAA	KEAAGKSSGP	TSLFAVTVAP
PGARQGQQQA	GGKKKAEGGG	GGGRPGAPAA	GDGKTEQKGG	DKKRGVKRPR
EDHGRGYFEY	IEENKYSRAK	SPQPPVEEED	EHFDDTVVCL	DTYNCDLHFK
ISRDRLSASS	LTMESFAFLW	AGGRASYGVS	KGKVCFEMKV	TEKIPVRHLY
TKDIDIHEVR	IGWSLTTSGM	LLGEEEFSYG	YSLKGIKTCN	CETEDYGEKF
DENDVITCFA	NFESDEVELS	YAKNGQDLGV	AFKISKEVLA	GRPLFPHVLC
HNCAVEFNFG	QKEKPYFPIP	EEYTFIQNVP	LEDRVRGPKG	PEEKKDCEVV
MMIGLPGAGK	TTWVTKHAAE	NPGKYNILGT	NTIMDKMMVA	GFKKQMADTG
KLNTLLQRAP	QCLGKFIEIA	ARKKRNFILD	QTNVSAAAQR	RKMCLFAGFQ
RKAVVVCPKD	EDYKQRTQKK	AEVEGKDLPE	HAVLKMKGNF	TLPEVAECFD
EITYVELQKE	EAQKLLEQYK	EESKKALPPE	KKQNTGSKKS	NKNKSGKNQF
NRGGGHRGRG	GFNMRGGNFR	GGAPGNRGGY	NRRGNMPQRG	GGGGGSGGIG
YPYPRAPVFP	GRGSYSNRGN	YNRGGMPNRG	NYNQNFRGRG	NNRGYKNQSQ
GYNQWQQGQF	WGQKPWSQHY	HQGYY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Fackelmayer F.O., Richter A. (1994). hnRNP-U/SAF-A is encoded by two differentially polyadenylated mRNAs in human cells. Biochim. Biophys. Acta. 1217: 232—234. PMID 7509195 DOI:10.1016/0167-4781(94)90044-2
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Jordan P., Heid H., Kinzel V., Kubler D. (1994). Major cell surface-located protein substrates of an ecto-protein kinase are homologs of known nuclear proteins. Biochemistry. 33: 14696—14706. PMID 7993898 DOI:10.1021/bi00253a007
Fackelmayer F.O., Richter A. (1994). Purification of two isoforms of hnRNP-U and characterization of their nucleic acid binding activity. Biochemistry. 33: 10416—10422. PMID 8068679 DOI:10.1021/bi00200a024
Barel M., Balbo M., Gauffre A., Frade R. (1995). Binding sites of the Epstein-Barr virus and C3d receptor (CR2, CD21) for its three intracellular ligands, the p53 anti-oncoprotein, the p68 calcium binding protein and the nuclear p120 ribonucleoprotein. Mol. Immunol. 32: 389—397. PMID 7753047 DOI:10.1016/0161-5890(95)00005-Y
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5048 (англ.) . Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, Q00839 (англ.) . Архів оригіналу за 28 листопада 2016. Процитовано 6 лютого 2017.